El tema de la supremacía del precedente surgió de nueva cuenta en la Corte en el caso City of Boerne vs. Flores, con una historia que se remonta a 1963, con el caso Sherbert vs. Verner y que vuelve al caso de 1990 Employment Division vs. Smith. La Corte concluyó que el significado del “libre ejercicio de la religión” garantizado por la decimocuarta enmienda era lo que la Corte en su precedente mayoritario (es decir, en el Employment Division vs. Smith) manifiesta lo que significa, y el Congreso carecía de facultades para interpretar dicha enmienda de una forma que se desviara de la interpretación dada por la Corte. Al respecto, declaró: “….cuando las ramas políticas del gobierno [Poderes del Estado] actúan en contra de los antecedentes de una interpretación judicial de la constitución que ya ha sido emitida, se debe entender que en casos y controversias posteriores, la Corte tratará sus precedentes con el debido respeto de acuerdo a los principios establecidos incluyendo el stare decisis y las expectativas en sentido contrario deberán ser desestimadas”. La juez Sandra Day O´Connor, al respecto, enfatizó: “…….cuando el Congreso promulga una ley con el fin de desarrollar las facultades que le han sido concedidas, éste debe emitir sus juicios en concordancia con el planteamiento que de la constitución haya sido hecho por la Corte”. p.p.40-42
521 U.S. página 536, 117 S.ct. página 2172, 138 L. Ed. 2d, 649
521 U.S. página 545, 117 S.Ct. página 2176, 138 L. Ed. 2d, página 655